
本鄉在日本未統治臺灣以前,全區域是布農族之活動生活區。日本時代,本區域被劃屬「蕃地」區域,由玉里支廳轄管,國民政府來台後,初期,清水以北併入玉里鎮;以南之古風村全境併入富里鄉。
1946 年5 月,成立山地鄉,本鄉名為太平鄉,嗣以名稱與他鄰相同,乃於次年 1 月以鄉行政中心所在地卓溪村而名為卓溪鄉。
本鄉位於花蓮縣南端,背倚中央山脈之綿延山麓,東接玉里鎮、富里鄉,西鄰南投縣、高雄縣交界,南倚台東縣海端鄉,北往萬榮鄉、瑞穗鄉。總面積一○二一.三 一三平方公里,為一幅員遼闊之鄉鎮。由於本地溪流,除大雨滂沱外,終年無水,所以舊名為「乾溪」,後來改為「卓溪」。本鄉行政區域劃分為六村,一○六鄰, 由北至南依序為崙山村、立山村、太平村、卓溪村、卓清村、古風村。