本鄉在日本未統治臺灣以前，全區域是布農族之活動生活區。日本時代，本區域被劃屬「蕃地」區域，由玉里支廳轄管，國民政府來台後，初期，清水以北併入玉里鎮；以南之古風村全境併入富里鄉。
1946 年5 月，成立山地鄉，本鄉名為太平鄉，嗣以名稱與他鄰相同，乃於次年 1 月以鄉行政中心所在地卓溪村而名為卓溪鄉。
本鄉位於花蓮縣南端，背倚中央山脈之綿延山麓，東接玉里鎮、富里鄉，西鄰南投縣、高雄縣交界，南倚台東縣海端鄉，北往萬榮鄉、瑞穗鄉。總面積一○二一．三 一三平方公里，為一幅員遼闊之鄉鎮。由於本地溪流，除大雨滂沱外，終年無水，所以舊名為「乾溪」，後來改為「卓溪」。本鄉行政區域劃分為六村，一○六鄰， 由北至南依序為崙山村、立山村、太平村、卓溪村、卓清村、古風村。